Опубликованное приложение (RemoteApp) по сути запускает удаленный рабочий стол в бесшовном режиме, поэтому на него действуют все те же факторы, что и в сеансе удаленного рабочего стола. А именно: основное приложение может - вдруг На примере завершения любого процесса в сеансе опубликованного приложения выполним следующие действия.
Запускаем опубликованное приложение (RemoteApp)

Подтверждаем, что приложение легитимно, нажав кнопку Подключить:

Вводим свои учетные данные:

На замечание о невозможности проверки подлинности сертификата отвечаем Да:

В окне Настройка удаленного сеанса... можем нажать кнопку Показать подробности (если интересно

Когда приложение запустилось, нажимаем сочетание клавиш Ctrl + Alt + End и попадаем в окно стандартных действий: Заблокировать / Выйти / Изменить пароль / Диспетчер задач. Выбираем последний пункт - запустить Диспетчер задач:

В окне Диспетчера задач выбираем зависшее приложение и нажимаем кнопку Снять задачу (End Process):


Еще раз подтверждаем действие - End Process:

Прим. Если завершить процесс самого опубликованного приложения, то после закрытия Диспетчера задач завершится и сам процесс подключения.
Запустить новое приложение можно выбрав в Диспетчере задач в меню Файл пункт Запустить новую задачу, которая вызывает стандартное окно Создание задачи:


Все. Вопрос закрыт?